Аппараты лазерной терапии "Матрикс" (как и аппараты предыдущего поколения серии «Мустанг-2000») состоят из четырех основных частей:
- базового блока (блока питания и управления), предназначенного для питания лазерных и светодиодных излучателей, задания и контроля параметров излучения;
- сменных выносных излучателей (излучающих головок) – лазерных, светодиодных, матричных, для внутривенного облучения крови (ВЛОК) и крайневысокочастотных (для КВЧ-терапии). Они, собственно, и являются источниками излучения с различной мощностью, длинами волн (красные, инфракрасные, КВЧ) и режимами работы (импульсные и непрерывные);
- блока «Матрикс-БИО», предназначенного для модуляции излучения биологическими ритмами пациента;
- оптических (для доставки излучения к месту воздействия), магнитных (для магнито-лазерной терапии) и зеркальных насадок, которые присоединяются к излучающим головкам.
 
Для создания рабочего комплекта аппарата лазерной терапии «Матрикс» совершенно необязательно приобретать все четыре составляющие аппарата – достаточно иметь базовый блок и одну или несколько излучающих головок. При необходимости всегда можно дополнительно докупить необходимую комплектацию.
 
Базовые блоки аппарата лазерной терапии «Матрикс» имеют в зависимости от исполнения 2 или 4 канала для подключения излучающих головок с возможностью независимой установки параметров (частоты и мощности излучения) для каждого канала. Наличие независимых каналов позволяет повысить эффективность работы, т. к. для реализации различных методик не требуется менять излучатели, достаточно выбрать нужный канал простым нажатием кнопки.
Каждый аппарат лазерной терапии «Матрикс» содержит встроенный фотометр, который позволяет измерять мощность излучения всех типов головок. При измерении мощности излучения аппарат автоматически определяет тип используемой головки, длину волны излучения и выводит на цифровой дисплей значение мощности излучения в ваттах (для импульсных головок) или в милливаттах (для непрерывных головок).
В аппарате лазерной терапии «Матрикс» предусмотрена возможность внешней модуляции излучения, в том числе режим БИО, меняющий мощность лазерного излучения во время процедуры синхронно с частотой пульса и дыхания пациента.

Кроме этого, к аппарату подключаются специализированные головки:
- инфракрасная матричная (МЛ01К), имеющая большую площадь излучения (0,89 мкм, максимальная мощность 50-60 Вт);
- многоцветная матричная лазерно-светодиодная головка МЛС-1 "ЭФФЕКТ", сочетающая импульсные лазеры с длиной волны 0,63 и 0,89 мкм и светодиоды синего, зеленого и ИК-диапазонов;
- излучающие головки для крайневысокочастотной (КВЧ) терапии с длиной волны 7.1, 5.6 и 4.9 мм. При необходимости головки КВЧ-диапазона комплектуются насадками для акупунктуры.